新竹市北區衛生所成立於民國八十年十二月一日，原為新竹市衛生所， 民國七十九年十一月一日新竹市行政組織分為三區，東區、北區、香山區公所，正式分區治事，為配合行政區域之調整，新竹市衛生所於八十年十二月一日裁撤，北區衛生所同時成立。

本區位於新竹市北部，東與東區、南與香山區接壤，北以頭前溪為界與新竹縣竹北市隔溪相望，西臨台灣海峽，全區面積15、7267平方公里，民國113年11月底止總人數153918人(男性75044人，女性78874人)，共計45里774鄰65318戶。